初代福井藩主結城（ゆうき）秀康（ひでやす）が鳥羽野（とばの）開発に着手しましたが志し半ばで亡くなった後、2代松平忠直（ただなお）が引継ぎました。神明社を東へ、下河端を北へ行き麻生津へ抜ける北陸道を整備し、周囲8ヶ村の領民を街道筋に移住させました。この事業にあたり、移住者への行き届いた心配りをしたことや街道沿いが賑わったことから領民は藩主忠直に大変感謝しました。しかしその忠直が幕府の怒りに触れ、九州へ配流処分となったため、藩主をお慰めしようと建てた寺が長久寺です。「長久」の名は開拓事業に尽力した奉行渡辺牛兵衛長久にちなんでつけました。また寺内には家康公、秀康公、忠直公の木像が祀ってあります。山号も2人の「康」をとって「二康山」と名乗っています。
境内に忠直卿のお墓があります。29歳の時流された忠直は豊後（ぶんご）の地で56歳の生涯を閉じました。3回忌に8ヶ村の代表者が大分に赴き、元藩主愛用の聖観音と土を持ち帰りお墓をたてました。忠直は領民に名君と慕われていたのです。